장애소녀는 현대 일본에 위치한 가상의 특수학교 야마쿠 고등학교를 배경으로 한 미소녀 비주얼 노벨입니다. 평범한 삶을 살고 있었던 평범한 소년인 나카이 히사오는 선천성 심장 기형으로 인한 오랜 시간의 투병후 새로운 학교로 전학하게 됩니다. 많은 어려움이 있지만, 히사오는 새로운 친구들을 만들게 되고, 올바른 선택만 한다면 사랑도 할 수 있습니다. 다섯명의 여주인공들에 각각 대응하는 다섯가지 루트가 있으며, 각 루트는 해당 캐릭터를 중심으로 스토리가 진행됩니다.